Collectionneur et homme curieux du monde, Henri Dupuis (1819- 1889)  passa sa vie et dépensa sa fortune à récolter des objets, animaux, minéraux du monde entier. Peu de temps avant sa mort en 1889,  il exprima son désir de rendre ses collections accessibles au plus grand nombre pour « être utile à tous, surtout à la jeunesse ».

Sans héritier, il propose alors à la ville de Saint-Omer de lui léguer l’ensemble de sa collection ainsi que sa maison afin de pouvoir l’aménager en musée.

Le musée ouvre en 1894.

Actuellement fermé au public, ne répondant pas aux normes actuelles de sécurité, les collections sont exposées au musée Sandelin  lors d’expositions temporaires.

Ce  muséum d’histoire naturelle renferme :

•  Des fossiles animaux et végétaux provenant de la région
•  Des animaux minéralisés dont 10%  d’espèces rares ou disparues
•  Des coquillages de toutes les mers du monde 
•  Des herbiers recensant une grande partie de la flore française
•  Des minéraux provenant du nord de la France (quartz, gypse, pierres semi-précieuses)